При помощи судов так же убирается иловый слой, мешающий судоходству.
Мусор убирается с рек Москва и Яуза. На небольшой глубине работают маломерные суда. Иловые отложения убираются при помощи насосов. Отходы грузятся на шаланды с буксирами. Коммунальный флот города работает в круглогодичном режиме. Его работа позволяет судам комфортно передвигаться по рекам с началом навигации.